基金会的最高决策机构是理事会，由5名理事组成。理事每届任期5年，任期届满可连选连任。理事人选来源于捐赠人代表、主管机关负责人、温州第二高级中学相关行政领导及知名校友等。理事会设理事长1名，秘书长1名，从理事中选举产生。基金会设监事1名，负责监督基金会的业务活动及财务状况。
根据章程规定，理事会行使制定修改章程、选举罢免负责人、决定重大业务活动计划、审定年度预决算、制定内部管理制度等职权。理事长负责召集和主持理事会会议、检查决议落实、签署重要文件等。秘书长在理事长领导下，负责执行理事会决议、主持日常工作、组织实施公益活动计划、拟订内部规章制度等。监事则负责检查财务和会计资料、监督理事会遵守法规和章程的情况。
